Вы берете на себя роль Джеймса (имя можно изменить) в этой игре; в прошлом над вами издевались и считали неудачником, а ваши родители бросили вас после развода. Когда вы возвращаетесь через пять лет, вы претерпеваете значительные изменения и больше не являетесь «неудачником». Будете ли вы следовать по пути любви или развратите свою семью?
Решение за вами, начните прямо сейчас!​​

Вы играете за парня по имени Ник. Начало взрослой жизни принесло ему несколько неприятных сюрпризов.
В одно мгновение от беззаботной жизни, окруженной роскошью и хорошенькими служанками, Ник вместе с матерью и сестрой остается без крова и денег на существование. И теперь он должен заботиться о своей семье, зарабатывать деньги и устраивать свою личную жизнь.

You used to go fishing with your father 'til one day you both got caught up in a storm.
After being swept off of the boat and away from your father you woke up on a strange Island
There you were found by a real beauty who you later married and had a daughter with.
Now not remembering the past, because of the accident, you are trying to recall the events that led you there.​

Ваш отец недавно скончался из-за долгой борьбы с раком, и вы никогда не знали о своей матери. Во время чтения его завещания вы еще больше запутались из-за того, что в завещании было больше наследников, чем вы ожидали. Вы недавно закончили школу и были готовы провести год в творческом отпуске со своим лучшим другом, прежде чем поступить в колледж. Ваш план состоял в том, чтобы "исцелить" свой разум от страданий, которые испытывал ваш отец, но вам стало любопытно узнать условия завещания, и вы решили совершить путешествие, чтобы узнать, кто другие наследники.
Но вы не ожидали, что окажетесь в таком хорошем месте. Место, которое вы, наконец, можете назвать "домом".​

Агент 53x - это визуальный роман, который начинается с того, что главный герой - парень, уже 8 лет находящийся в частной школе-интернате. Твой отец приехал на твой выпускной и забрал тебя домой. По дороге домой произошла автокатастрофа, и твой отец погиб. Ты уже год как в коме. Ты просыпаешься и обнаруживаешь, что находишься в незнакомом городе и незнакомом доме, живёшь с тремя красивыми женщинами, которых на самом деле не знаешь